החפירה הראשונה בתכנית מתנהלת בימים אלה בסיוע מתנדבים רבים, במערת הגולגולות שבנחל צאלים. 

חפירה ארכיאולוגית מורכבת ויוצאת דופן לחיפוש אחר מגילות גנוזות בנחל צאלים החלה בשבוע האחרון ומתנהלת ע"י רשות העתיקות בפעולה ראשונה במסגרת התכנית הלאומית.

צוות היחידה למניעת שוד ברשות, בליווי חוקרי המרכז לחקר מערות של האוניברסיטה העברית ומאות מתנדבים מכל רחבי הארץ, משתתפים בחפירה, המתקיימת בתמיכת פרויקט מורשת במשרד לענייני ירושלים. החפירה מנוהלת ע"י הארכיאולוגים ד"ר איתן קליין, ד"ר אורי דוידוביץ, רועי פורת ואמיר גנור.

רשות העתיקות, בשיתוף פרויקט 'מורשת' במשרד לענייני ירושלים וביחד עם שרת התרבות והספורט ח"כ מירי רגב, מקדמת תכנית לאומית לחפירות ארכיאולוגיות כוללות במערות מדבר יהודה, ולהצלת המגילות הגנוזות – ­ כתבי יד מהקדומים ביותר שנכתבו בשפה העברית. 

מערת הגולגולות, בה מתקיימת החפירה, ממוקמת כ-80 מ' מראש המצוק, וכ-250 מ' מעל בסיס הוואדי. בשל תנאי ההגעה המאתגרים למקום, סללה רשות העתיקות, בהיתר מיוחד מרשות הטבע והגנים, מסלול הגעה, המצריך שימוש בציוד גלישה לשם אבטוח המשתתפים בחפירה. למשימה נרתמו יותר מ-500 מתנדבים ואנשי שטח מהארץ ומהעולם, הישנים וחיים במחנה בתנאי שדה מדבריים.

פניות רבות נוספות להשתתפות נדחו, בשל היעדר תשתית לקליטת ציבור כה רחב של ארכיאולוגים, מתנדבים ובעלי ענין.

עונת החפירות הנוכחית תסתיים בעוד כשבועיים, תוך הנחה שפרק זמן יזה יספיק כדי למצות את המידע הארכיאולוגי יקר הערך מהמערה.

לדברי ישראל חסון, מנהל רשות העתיקות, "נכסי המורשת והתרבות החשובים ביותר שלנו, נחפרים ונשדדים במשך שנים ממערות מדבר יהודה לשם בצע כסף. מטרת התכנית הלאומית שאנו מקדמים הינה לחפור ולמצוא את כל המגילות שנותרו במערות אחת ולתמיד, כך שאלה יינצלו ויישמרו בידי המדינה".

לדברי שרת התרבות והספורט, ח"כ מירי רגב, ״שודדי העתיקות שודדים את ההיסטוריה של ארץ ישראל. אסור לנו לאפשר זאת. המגילות הגנוזות הן העדות המרגשת והחשובה ביותר לקיומו של עם ישראל בארץ ישראל לפני 2000 שנה, והן התגלו בסמוך לשיבה לציון ולהקמת מדינת ישראל בארץ ישראל. מחובתנו להגן על אוצרות ייחודיים אלה, השייכים לעם היהודי ולעולם כולו. אפעל להחמיר את הענישה נגד שודדי העתיקות״.

במשך שנים רבות פועלים פקחי הרשות באופן מניעתי לאכיפת החוק במדבר, במהלכן נרשמו מספר תפיסות וסיכולים של חוליות שודדים שביקשו להתעשר מחיפוש הרסני של הפריטים בעלי הערך ההיסטורי הרב, ואולם  פעילות זו היא בגדר טיפה בים, וברשות העתיקות מדגישים כי רק חפירת כל המגילות מתוך האדמה והעברתן לידי המדינה, תבטיח את שלומן ואת שמירתן לדורות הבאים.

בחודש נובמבר 2014, לכדו מפקחי היחידה למניעת שוד ברשות העתיקות חולית שודדים תושבי הכפר סעיר מאזור חברון, בעת שעסקו בבזיזת תכולת מערת הגולגולות בנחל צאלים. החשודים נתפסו "על חם", נעצרו בשטח, נחקרו, נשפטו, ריצו עונש מאסר בפועל וחויבו בתשלום קנס למדינה ע"ס 100,000 ₪. בעת לכידתם, נמצאו בחפציהם ממצאים ארכיאולוגים חשובים, המתוארכים לתקופה הרומית – לפני כ-2000 שנה, ולתקופה הניאוליתית- לפני כ-8,000 שנה.

בשנת 2009 נתפסה תעודה עתיקה כתובה בעברית על גבי פפירוס, המתוארכת לשנת 4 לחורבן בית ישראל (שנת 139 לספירה). התעודה נתפסה בפעולה מבצעית של אנשי היחידה למניעת שוד ברשות העתיקות ומשטרת ישראל, במפגש עם סוחר עתיקות, בו הוצעה בעבור סכום של 2 מיליון דולרים.

חקירת השודדים המעורבים לימדה, שגם התעודה הזו התגלתה, ככל הנראה, בנחל צאלים. תוכן התעודה, שסיפר על ערים ויישובים באזור הר חברון, מרמז על כך שהתעודה הייתה חלק מארכיון מסמכים של יהודים שנמלטו למדבר מאזור הר חברון, אחרי מרד בר כוכבא. כעת, מקווים ברשות העתיקות למצוא מסמכים כאלה.

לדברי אמיר גנור, מנהל היחידה למניעת שוד ברשות העתיקות, "החפירה בנחל צאלים היא מבצע יוצא דופן במורכבותו ובהיקפו, שלא נראה במדבר יהודה מזה 30 שנה. על אף פעולות אכיפה אינטנסיביות כנגד שודדי העתיקות, אנו עדיין עדים לפעילות שוד חמורה, שלמרבה הצער מתאפשרת במרחבי המדבר הגדולים. בשטח נמצאות מאות מערות במצוקים שהגישה אליהם מסוכנת ומאתגרת. כמעט בכל מערה שבדקנו ניתן למצוא עקבות אדם, והלב נחמץ. אובדנם של הממצאים הוא נזק בלתי הפיך שלא ניתן להשלים אתו".

ישראל חסון, מנהל רשות העתיקות, מוסיף, כי "מרגש לראות את העשייה היוצאת מן הכלל של המתנדבים, שנותנים יד ונרתמים לחפירה בתנאי שטח מורכבים, מתוך תשוקה לקחת חלק בעשיית היסטוריה ולמצוא ממצאים שיכולים לספק מידע יקר מפז על עברינו כאן. הגיע הזמן שהמדינה תממן פעולה רחבה להצלת נכסי התרבות בעלי החשיבות ההיסטורית האדירה, שעוד נותרו במערות. יש להקצות תקציבים ניכרים, שיאפשרו לרשות העתיקות לצאת במבצע רחב היקף לחקר המדבר, כלל המערות, וחפירת הממצאים. אחרי הכל, למגילות מדבר יהודה יש חשיבות דתית, פוליטית והיסטורית ליהדות, לנצרות ולאנושות כולה".